مغالطه ی خلط مفهوم نظم در آنتروپی با  نظم غایی برخی از خداناباوران با خلط این دو مفهوم سعی دارند که با ادعای عدم وجود نظم آنتروپی، برهان نظم را زیر سوال ببرند!!! و این در حالی است که آنها از سه موضوع مهم غفلت کرده اند: اولا: در جهانمان نتنها شاهد نظم غایی (هماهنگی غایتمند) می باشیم بلکه شاهد بی شمار نظم در مفهوم آنتروپی نیز می باشیم.(زیرا رویدادهایی که معادل کاهش آنتروپی باشد فراوان هستند مانند نزول باران، رشد گیاهان، سیر فرگشت حیات و ...) ثانیا: در این استدلال مغالطه ای صورت گرفته است زیرا مفهوم نظم در برهان نظم، نظم غایی (هماهنگی غایتمند و هدفمند) می باشد نه مفهوم نظم در آنتروپی. ثالثا: حتی اگر کاهش ها یا افزایش های آنتروپی غایتمند باشند، معادل نظم غایی محسوب می شوند و تائید کننده مقدمه اول برهان نظم خواهند بود. در کل مفهوم نظمی که در برهان نظم مد نظر می باشد هماهنگی غایتمند می باشد نه مفهوم آنتروپی، در نتیجه باید دید که این کاهش ها یا افزایش های آنتروپی غایتمند و هدفمند می باشند یا نه. اگر هدفمند بودند، از نظر غایی، منظم محسوب می شوند هرچند که ما شاهد افزایش آنتروپی (بی نظمی) باشیم. به عبارتی کاهش یا افزایش آنتروپی اجزای یک سیستم، اگر غایتمند باشند می توانند مجموعه های منظم از حیث غایی ایجاد کنند.در مواقعی کاهش آنتروپی معادل نظم غایی است مانند رشد جنین، رشد گیاهان، پیدایش حیات، سیر فرگشت و ... و در مواقعی افزایش آنتروپی معادل نظم غایی می باشد مانند بخار شدن آب دریاها که جهت تشکیل ابرها می باشد یا آب شدن یخ ها که باعث شکل گیری رودها و رسیدن آب به مراتع و زمین های کشاورزی و سپس بازگشت به دریا و ... می باشد. در نتیجه مفهوم این دو نظم با یکدیگر متفاوت می باشد و مراد از نظم در برهان نظم، نظم غایی است و از این رو وقتی ما در مورد برهان نظم صحبت می کنیم نمی توانیم برای تائید یا رد مقدمه اول یا صغرای آن به مفهوم نظم در آنتروپی استناد کنیم و ما برای بررسی صحت برهان نظم نمی توانیم از مفهوم آنتروپی استفاده کنیم (زیرا مغالطه محسوب می شود). و همچنین متوجه شدیم که کاهش یا افزایش آنتروپی اگر غایتمند باشند جزو سیستم های منظم از حیث غایی خواهند بود یعنی حتی افزایش های آنتروپی (بی نظمی) اگر هدفمند و غایتمند باشند منظم خواهند بود و اگر کاهش آنتروپی (بی نظمی) بی هدف باشد نامنظم خواهد بود و به عبارتی غایتمندی و هدفمندی سیستم ها هستند که وجود نظم یا عدم وجود آن را مشخص می کنند. پس اگر سیستمی به سمت افزایش آنتروپی حرکت کرد یا حتی در حالت تعادل ترمودینامیکی باشد دلیلی بر بی نظمی آن از حیث غایی نیست بلکه اگر هدفمند باشد همان حالت تعادل ترمودینامیکی نیز مصداق نظم غایی خواهد بود زیرا در برهان نظم غایتمندی و هدفمندی مجموعه مد نظر می باشد. مثلا پوسیده شدن یا مرگ غایتی هستند برای مجموعه ها و سیستم ها و عمر بی نهایت در جهان ما معنا ندارد که این رویداد در اثر قانون دوم ترمودینامیک رخ می دهد. بنابراین حتی مرگ و پوسیده شدن و فنا غایتمند است هر چند که در مسیر افزایش آنتروپی است و از این رو این قانون بسیار مهم اگر نبود شکل زندگی به صورت دیگری می بود و نتنها این قانون نفی کننده وجود خدا نیست بلکه دلیلی محکم بر وجود آفریدگاری آگاه، قانونگذار، هدفدار و ناظم می باشد که چنین قوانین دقیقی را وضع کرده است و نهایتا چنین نظام های شگرفی را ایجاد کرده است و تولد و مرگ را برای مخلوقاتش قرار داده است. در نتیجه برهان نظم همچنان استوار ایستاده است و تمام انکارکنندگانش را به تحدی و مبارزه دعوت می کند. زیرا هیچ کس نمی تواند وجود بیشمار مجموعه های منظم را در جهان ما انکار کند و از این رو سوال می کنم ناظم و قانونگذار کیست؟؟